Edifié à l’entrée de la « Cluse de Pontarlier », le château de Joux commande d’une centaine de mètres le passage emprunté par la grande route internationale reliant à travers le Jura la vallée de la Saône et la Bourgogne à la Suisse, les Flandres et la Champagne à l’Italie, les mers froides septentrionales à la Méditerranée.
Cette grande voie commerciale qui se développe à partir du 13ème siècle, lors du renouveau des échanges européens, était également la route du sel et du monachisme. Les armées ont utilisé ce passage naturel à travers la montagne jurassienne depuis l’Empire Romain.
Passage obligé, cette cluse a toujours constitué un verrou naturel qu’il était logique, tentant et inévitable de surveiller et surtout de fortifier. Après le rattachement de la Franche-Comté au royaume de France en 1674, le rôle joué par la place frontière de Joux devient capital dans la défense du « Pré Carré » de Louis XIV.
Construit à l’extrémité d’un promontoire, le château est dominé au nord par la montagne du Larmont et au sud-ouest par la chaine de La Fauconnière. Les progrès réalisés par l’artillerie à partir du 17ème siècle entraîneront une évolution de la fortification : abandon progressif du plateau de la Rochette situé immédiatement au-dessus de la Cluse et renforcement des enceintes faisant face au plateau sud.